FIN DU PROJET eREF : ETAT DE REFERENCE DE LA BIODIVERSITE EN VERTEBRES DANS LES MASSES D’EAU COTIERES MEDITERRANEENNES A PARTIR D’ADN ENVIRONNEMENTAL #16
Ce projet porté par l’université de Montpellier en partenariat avec Andromède océanologie et Spygen visait à recenser la diversité des vertébrés en lien avec le confinement strict du printemps 2020.
Nous avons rééchantillonné des sites visités en 2018 ou 2019 et établi les références d’indicateurs biologiques à la fois sur les sites anthropisés (ports et autres), les aires marines protégées et la zone mésophotique (50-100 m). Au total 204 échantillons ont été analysés. A partir de ces données, 14 indicateurs de biodiversité ont été calculés afin d’évaluer l’état des eaux côtières en matière de biodiversité des poissons.
Les résultats sont consultables sur la plateforme MEDTRIX dans le projet PISCIS.
L’effet du confinement sur la diversité d’espèces de poissons est visible et disparait rapidement après la levée du confinement (article soumis).
Herbier de posidonie et sa faune marine. @Laurent Ballesta
Les espèces en ont profité pour se rapprocher du littoral, s’activer plus et/ou remonter des profondeurs. Parallèlement, nous avons complété la base génétique de références pour les vertébrés marins de Méditerranée sur la partie 12S du génome afin de mieux assigner les fragments d’ADN environnemental à des espèces : 178 séquences de 39 espèces supplémentaires ont été ajoutées.
Nous avons également travaillé sur les méthodes d’échantillonnage en mer pour adapter les protocoles à la question posée. Nous avons montré que :
- une plus grande quantité d’eau filtrée apporte une plus grande quantité d’ADN sans risque de colmatage du filtre,
- un inventaire exhaustif nécessite un grand nombre de filtres (>50 x 30 litres) ou la filtration d’un grand volume d’eau ou un complément visuel en plongée (UVC)
- pas d’influence significative du moment de l’échantillonnage (sur 2 jours),
- l’échantillonnage par Niskin est moins efficace que les filtrations in-situ pour capturer la diversité spécifique,
- les communautés sont semblables :
-> pour les points fixes et les transects bien que le déplacement de la pompe lors de la filtration permet d’identifier un plus grand nombre d’espèces.
-> avec un échantillonnage par transect de surface et un échantillonnage par transect au fond (-11 à -18 m) bien que ce dernier détecte plus d’espèces de fonds et notamment plus d’élasmobranches.
- sur des sites profonds (-100 m), l’échantillonnage en surface ne permet pas de capter les espèces profondes et les assemblages détectés en surface et au fond sont différents.
Enfin, nous avons testé une approche multi-amorces pour détecter par amplification sélective une large gamme d’organismes des communautés bactériennes aux mammifères.
Un guide méthodologique pour les méthodes ADNe en mer Méditerranée sera publié en 2023.
Récif coralligène et sa faune marine. @Laurent Ballesta
Julie Deter, Andromède Océanologie
