L’ADN environnemental pour comparer la biodiversité en poissons des ports avec celle des réserves marines et des sites adjacents #19

La biodiversité dans les ports reste mal connue malgré les travaux récents montrant une utilité des ports aménagés au cours du cycle de vie de certains organismes. Une équipe française impliquant des chercheurs de l’École Pratique des Hautes Études – PSL (EPHE-PSL) et de l’Université de Montpellier ainsi que les entreprises SPYGEN, Ecocean et Andromède Océanologie, a mis en évidence par ADN environnemental (ADNe), avec le soutien de l’Agence de l’eau Rhône Méditerranée Corse, une biodiversité en poissons dans les ports aussi élevée qu’en milieu naturel côtier durant le confinement. Cependant les mêmes espèces de poissons ont tendance à se retrouver dans tous les ports, alors que la composition en espèces en dehors des ports est plus hétérogène, suggérant une homogénéisation de la biodiversité dans les ports.

Port méditerranéen @David Mouillot

L’objectif de ce projet est d’augmenter les connaissances de la biodiversité existante dans les ports par le séquençage de l’ADN contenu dans 28 échantillons d’eau (ADNe) collectés dans 7 ports en mer Méditerranée et de l’identification des espèces grâce aux séquences présentes dans des bases de référence.

Les chercheurs ont ensuite comparé cette biodiversité dans les ports à celle présente dans 10 sites en dehors des ports (parmi lesquels 5 ont été prélevés dans des réserves marines avant et pendant le confinement strict du printemps 2020).

Ils ont détecté 122 espèces de poissons différentes présentes dans les ports avec en moyenne 65 espèces par port. Cette richesse en espèces augmente avec le substrat rocheux (ex : port de La Ciotat) par rapport au substrat sableux, et la surface du port (Cap d’Agde).

Ils ont identifié 27 espèces uniques aux ports, en particulier des espèces de petites tailles et peu mobiles telles que les gobies et blennies.

Le nombre d’espèces moyen par échantillon dans les ports est similaire à celui des milieux naturels côtiers en dehors des ports durant le confinement, et supérieur au nombre d’espèces des zones pêchées en dehors de la période de confinement. Par contre, la variation de la composition en espèces entre les ports est plus faible que celle entre les milieux naturels, suggérant une homogénéisation de la biodiversité dans les ports.

Cette forte biodiversité en poissons pourrait provenir en partie de l’usage par des espèces côtières de ces endroits artificiels aménagés au cours de leur cycle de vie dans lesquels les jeunes recrues vont tenter de s’installer. L’homogénéisation plus grande de la diversité entre les ports pourrait quant à elle s’expliquer par la redondance des habitats entre les ports.

Port de Cannes @A. Amoretti.

Stéphanie Manel, CEFE, Université de Montpellier